La construcción de la catedral cristiana, en el medio de la mezquita, fue la reforma más desastrosa que haya sufrido la mezquita. Si bien desde el 1236 se fueron añadiendo capillas, y en la época de los reyes católicos se construyó la Capilla Mayor, en la época de Carlos V se edificó, no sin grandes oposiciones, la actual catedral cristiana dentro de las naves de la antigua mezquita.
Las zonas afectadas fueron las de Abderrahman II (las mas lindas para mi gusto) y Almanzor